El nombre proviene del castillo suizo Habichtsburg (Castillo del azor), la residencia familiar de los Habsburgo durante los siglos XI, XII y XIII en el antiguo ducado de Suabia, hoy en día Suiza (Suiza no existía entonces en su forma actual, y las tierras suizas formaban parte principalmente del Sacro Imperio Romano Germánico). Desde el sudoeste de Alemania (principalmente Alsacia, Brisgovia, Argovia y Turgovia) la familia extendió su influencia y asentamientos a los extremos del sudeste del Sacro Imperio Romano Germánico, aproximadamente lo que es hoy en día Austria (1278–1382). En sólo dos o tres generaciones, los Habsburgo habían logrado obtener un alcance inicialmente intermitente en el trono imperial que duraría siglos (1273–1291, 1298–1308, 1438–1740 y 1745–1806).

Después del matrimonio de Maximiliano I con María, heredera de Borgoña (que controlaba los Países Bajos) y el matrimonio de su hijo Felipe el Hermoso con Juana, heredera de España y su recién fundado imperio, Carlos V heredó España, Italia del sur, Austria y los Países Bajos. En 1580 su hijo Felipe II heredó Portugal y sus colonias.

Bajo Maximiliano II, los Habsburgo adquirieron primero la tierra donde después construirían el Palacio de Schönbrunn: el palacio de verano de los Habsburgo en Viena y uno de los símbolos más duraderos de la dinastía.
División de la Casa: los Habsburgo austríacos y los Habsburgo españoles

Después de la asignación el 21 de abril de 1521 de las tierras austríacas a Fernando I desde su hermano Emperador Carlos V (también Rey Carlos I de España) (1516–1556), la dinastía se dividió en una rama austríaca y una española. Los Habsburgo austríacos llevaron (después de 1556) el título de Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, así como de las tierras hereditarias de los Habsburgo y los Reinos de Bohemia y Hungría, mientras los Habsburgo españoles gobernaban sobre los reinos españoles, los Países Bajos, las posesiones de los Habsburgo en Italia, y durante un tiempo, Portugal. Hungría, nominalmente bajo el reinado de los Habsburgo desde 1526 pero en su mayor parte bajo ocupación turca otomana durante 150 años, fue reconquistada en 1683–1699.

Los Habsburgo españoles desaparecieron en 1700 debido a la endogamia y excesiva consanguinidad de sus matrimonios, que acabaron por dar un rey completamente disminuido e incapaz de gobernar, Carlos II de España. Se provocó así la Guerra de Sucesión Española, cosa que se repetiría con los Habsburgo austríacos en 1740, originando la Guerra de Sucesión Austriaca. Sin embargo, la heredera del último Habsburgo austríaco (María Teresa) se casó con Francisco Esteban, Duque de Lorena, ambos bisnietos del Emperador Habsburgo Fernando III, pero desde diferentes emperatrices. Sus descendientes continuaron la tradición de los Habsburgo de Viena bajo el nombre dinástico Habsburgo-Lorena. Se especula a menudo que los comunes matrimonios intrafamiliares entre ambas líneas contribuyeron a su extinción, pero hubo pocos matrimonios de este tipo en la línea austríaca. La muerte de las jóvenes herederas por viruela fue una causa mayor.
Casa de Habsburgo-Lorena: el Imperio Austríaco

El 6 de agosto de 1806 se disolvió el Sacro Imperio Romano Germánico bajo la reorganización de Alemania del Emperador francés Napoleón Bonaparte. Sin embargo, como anticipación de la pérdida de su título de Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, Francisco II se declaró a sí mismo Emperador de Austria hereditario (como Francisco I) el 11 de agosto de 1804, tres meses después de que Napoleón se hubiera declarado a sí mismo Emperador de los franceses el 18 de mayo de 1804.

El Emperador Francisco I de Austria usó el gran título oficial: «Francisco I, por la gracia de Dios Emperador de Austria; Rey de Jerusalén, Hungría, Bohemia, Dalmacia, Croacia, Eslavonia, Galitzia y Lodomeria; Archiduque de Austria; Duque de Lorena, Salzburgo, Wurzburgo, Franconia, Estiria, Carintia y Carniola; Gran Duque de Cracovia; Gran Príncipe de Transilvania; Margrave de Moravia; Duque de Sandomir, Masovia, Lublin, Alta y Baja Silesia, Auschwitz y Zator, Teschen y Friuli; Príncipe de Berchtesgaden y Mergentheim; Conde de Habsburgo, Gorizia y Gradisca y del Tirol; y Margrave de Alta y Baja Lusacia y Istria».

En 1867 se dio autonomía efectiva a Hungría bajo los términos del Ausgleich o ‘compromiso’ (véase Imperio austrohúngaro) hasta la deposición de los Habsburgo de Austria y Hungría en 1918 después de la derrota en la Primera Guerra Mundial.

El miembro actual de la familia de los Habsburgo es Otto von Habsburg, el hijo mayor del Emperador Carlos.